Nato nel 1999 dalla fusione tra Ikast FS e Herning Fremad, il Football Club Midtjylland deve il nome alla propria localizzazione geografica, dato che la cittadina di Herning si trova più o meno al centro della penisola dello Jutland (Jylland in danese). Partendo dalla seconda divisione, dove militavano entrambi i club originari, il Midtjylland stravinse subito il campionato e nelle stagioni successive riuscì a collocarsi piuttosto stabilmente nelle prime posizioni della Superliga, conquistando due secondi e tre terzi posti tra il 2000 e il 2014.